Gli esploratori spagnoli arrivati nel 1517 trovarono statuette di argilla raffiguranti donne lungo le scogliere meridionali dell'isola e la chiamarono di conseguenza. Nel XIX secolo l'insediamento era diventato un avamposto di pescatori; verso la fine del XX secolo, un corridoio per escursioni giornaliere per i visitatori in cerca di acque più calme rispetto a quelle offerte dalla zona alberghiera. Oggi l'isola misura circa otto chilometri da un capo all'altro, abbastanza stretta da rendere i golf cart il mezzo di trasporto principale e la maggior parte delle spiagge si trova a dieci minuti di auto dagli imbarchi dei traghetti.
La costa settentrionale, Playa Norte, è il fulcro della maggior parte degli itinerari. Il suo gradiente basso e l'assenza di forti correnti la rendono adatta alle famiglie, mentre il sistema di barriera corallina a un chilometro dalla costa supporta escursioni di snorkeling verso la formazione di Manchones e il parco di sculture sommerse MUSA, installato nel 2009 per alleviare la pressione sul corallo naturale. La punta meridionale ospita Punta Sur, un giardino di sculture sulla scogliera e i resti di un tempio Maya dedicato a Ixchel. Tra questi due poli, il compatto centro cittadino dell'isola ospita bancarelle del mercato, griglie di pesce e negozi di noleggio che forniscono set da snorkeling e veicoli motorizzati.
L'accesso da Cancún richiede dai venti ai trentacinque minuti a seconda del tipo di traghetto (le imbarcazioni coperte di Ultramar rispetto al più lento servizio municipale), mentre le partenze da Playa del Carmen e dai resort della Riviera Maya solitamente includono il trasporto di andata e ritorno con pasti a buffet e snorkeling guidato. La maggior parte degli orari per una gita di un giorno a Isla Mujeres da Cancún include dalle tre alle cinque ore di permanenza sull'isola, sufficienti per circumnavigare la costa, nuotare a Playa Norte e visitare un sito culturale. Le corse in alta stagione partono ogni trenta minuti da Puerto Juárez; fuori stagione gli intervalli si allungano fino a sessanta minuti. Le dimensioni compatte dell'isola e il ritmo preciso dei traghetti l'hanno resa la fuga giornaliera più visitata del Quintana Roo, registrando oltre due milioni di transiti annuali entro il 2025.
Considerazioni pratiche plasmano l'esperienza: il noleggio di golf cart richiede una patente di guida valida e un deposito, lo snorkeling sulla barriera corallina richiede una moderata capacità natatoria e l'assenza di infrastrutture alberghiere su larga scala significa che i visitatori giornalieri fanno ritorno agli alloggi sulla terraferma entro sera. Il basso pescaggio dell'isola e la sua posizione riparata mantengono le condizioni del mare miti tutto l'anno, sebbene la stagione degli uragani da giugno a novembre possa occasionalmente interrompere il servizio dei traghetti.